"在小石头豆豆和毛毛虫西西的守护下，树爷爷和小伙伴们居住的森林一直自然、清洁与神秘，一切生物蓬勃盎然。小石头豆豆、小咪、发发、拉拉和毛毛虫西西依然每天都快乐地在一起生活。然而，有坏消息打破了这座森林的宁静，小石头们在森林的不远处发现了污染区，四处弥漫着被污染的乌云，森林里的朋友们因为这些乌云而经常咳嗽，身体也越来越差；西红柿因为土壤污染而腐烂病变；因为小朋友们乱扔垃圾，池塘被污染，滋生了很多蚊子；还有不喜欢洗澡的松树，脸上长满了苔藓，小石头和他的朋友们都被松树感染了病毒……豆豆和小石头们一起想办法去治疗了腐烂病变的西红柿，想办法通过鸡蛋壳去提高土壤的营养成分，让西红柿地变得干净健康；在森林里的池塘被垃圾污染时，小石头们利用西红柿的叶子和汁水去阻止池塘里滋生出来的蚊子；小石头们为了能让松树坚持洗漱而想出了净水的办法；当森林里的空气被恶化时候，森林里吹来了很多灰尘，为了防止沙尘暴的出现，小石头们得知必须种树，这样才能防止土壤变得贫瘠……许多发生在小石头豆豆和他的朋友们身上的困难，也是我们生活中容易遇见的，小石头们通过仔细观察，展开了一系列的调查研究去寻找问题发生的原因，又通过创造、玩耍的方式，找到科学、合理的办法来解决这些麻烦，他们要保护好居住在这座森林的树爷爷和其他小伙伴，随时准备着为拯救森林不被污染而战。这一季中，西西的妈妈成为蝴蝶离开，进行季节性的迁徙，剩下了孤零零的西西，为了尽快变成一只蝴蝶到妈妈身边去，本来就很喜欢吃的西西变成了一个更加能吃的大胃王。