自らが育った５０１机関から独立を果たし军内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を后押しした荒巻の荐めにも関わらず自身の部队の结成を先送りしていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生。调査のためにロジコマを移送する草薙は武装集団に袭撃される。そこには、「眠らない眼」を持つ元陆军空挺特科第一のバトー、ネットの情报解析を得意とする元陆军情报部のイシカワ、特殊工作と电子戦のスキルを持つ同じく元陆军空挺特科第一のボーマがいた。都市交通网を混乱させてまで执拗に草薙を攻撃する武装集団。対する草薙は陆军警察の潜入捜査员パズと海兵队のエース・スナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。